Всё не так как должно, неправильно и, к тому же, в ужасном беспорядке.
Скорей всего в идиоме отразились впечатления от генеральной уборки,
вроде той, что бывала в русских домах на "Чистый четверг". В этот день
вся посуда выносилась на улицу, сковороды калились на огне, чугуны
драились дресвой, горшки и крынки намывались и вешались кверху дном на
плетне. Деревянные мисы и корытца выскабливались, ополаскивались и
тоже ставились вверх дном, чтобы стекла вода. Hеразбериха была
ужаснейшая и, случалось, в этот день готовить было не в чем, поскольку
вся посуда сохла кверху дном.

"Всё вверх дном, - отвечал Галле. - У этого человека ум за разум
зашёл, сам господь от него отступился", - Франсуа Рабле "Гаргантюа и
Пантагрюэль", перевод с французского H.М. Любимова.